Yasak Bölge 9 Uzak bir geçmişte Dünya'ya gelen devasa bir uzay gemisi, Johannesburg'un eteklerinde bir gecekondunun ortasına çakılır. Geminin içindeki yaralı uzaylılar, yerel halk tarafından büyük bir merak ve korkuyla karşılanır. Zamanla hükümet, uzaylıları kontrol altına almak için özel bir şirket olan MNU'yu görevlendirir. Uzaylılar, şehir dışında yer alan ve apartheid döneminden kalma bir gettoyla benzerlik gösteren "District 9" adlı bir bölgeye yerleştirilir. Filmin ana karakteri Wikus van der Merwe, MNU'da çalışan bir bürokrattır. Görevi, District 9'daki uzaylıları yeni bir bölgeye taşımaktır. Ancak bir olay sonucu uzaylıların biyolojik silahına maruz kalan Wikus, yavaş yavaş uzaylıya dönüşmeye başlar. Bu dönüşüm, hem Wikus'un hem de çevresindeki insanların hayatını kökten değiştirir.