1950'lerin başlarında Manhattan'ın kalbinde, gizemli ve açıklanamayan bir UFO olayı şehri sarsar. Manhattan'ın UFO Gizemi adlı İngiliz bilim kurgu dizisi, bu olağanüstü olayı araştırmakla görevlendirilen benzersiz bir ekibin hikayesini anlatıyor. Ekip, II. Dünya Savaşı'nın travmatik dehşetlerinden yeni dönen ve travma sonrası stres bozukluğuyla boğuşan savaş muhabiri Jake Sullivan'dan oluşuyor. Yaralı bir ruhu iyileştirmeye çalışan parlak bilim insanı Dr. Emily Carter ve gizli hükümet ajansı Operasyon Stardust'ın acımasız ajanı Agent Jack Turner da ekibe dahil. Farklı geçmişleri ve kişisel zorlukları olsa da, bu üç kişi gerçeğin peşinde ortak bir hedef paylaşıyor. UFO olayının arkasındaki gizemi çözmek için güçlerini birleştirmeli veManhattan'ın göklerine gizlice dalan şeyin doğasını ortaya çıkarmalılar. Ancak tehlike pusuda bekliyor ve ekip sadece bilinmeyenle yüzleşmekle kalmayacak, aynı zamanda hükümetin karanlık sırlarını ortaya çıkarmanın doğurduğu sonuçlarla da yüzleşmek zorunda kalacak.