Kediler Müzede (Cats in the Museum), Maurice, sanat eserlerini kemirmeyi seven bir faredir. St. Petersburg'daki Hermitage Müzesi'nde yaşar ve her gece farklı bir tabloyu kemirir. Müzedeki diğer fareler Maurice'den korkar ve ondan uzak durur.
Bir gün, müzeye dünyaca ünlü Mona Lisa tablosu gelir. Maurice bu tabloyu da kemirmek ister, ancak Mona Lisa'nın koruması için özel bir kedi görevlendirilmiştir. Bu kedinin adı Vincent'tır ve Maurice'i yakalamak için her şeyi yapmaya hazırdır.
Maurice ve Vincent başlangıçta birbirleriyle anlaşamazlar. Maurice, Vincent'tan kurtulmaya çalışırken Vincent de Maurice'i yakalamaya çalışır. Ancak bir süre sonra ikisi de birbirlerine karşı bir saygı duymaya başlarlar.
Bir gece, Mona Lisa çalınır. Müzedeki herkes şok olur ve tabloyu kimin çaldığını merak eder. Maurice ve Vincent, Mona Lisa'yı bulmak için birlikte çalışmaya karar verirler.
Maurice ve Vincent'ın araştırmaları onları müzedeki bir grup hırsıza yönlendirir. Hırsızlar Mona Lisa'yı satmak için plan yapmaktadır. Maurice ve Vincent, hırsızların planını bozmak ve Mona Lisa'yı geri getirmek için birlikte çalışırlar.
Maurice ve Vincent'ın birçok macera yaşadıktan sonra Mona Lisa'yı kurtarmayı başarırlar. Müzedeki herkes Maurice ve Vincent'a teşekkür eder ve Vincent müzedeki farelerden sorumlu kedi olarak atanır. Maurice ve Vincent de en iyi arkadaşlar olurlar.