Karanlık Su, Gizli bir denizaltı hapishanesinde yatan CIA ajanı Wheeler (Jean-Claude Van Damme), acımasız işkence ve sorgulamalara maruz kalır. Ancak, bir saldırı sırasında kaçma şansı yakalar. Bu kaotik ortamda, diğer tutuklu Melissa (Courtney B. Vance) ile tanışır ve onunla işbirliği yaparak özgürlüğüne kavuşmayı umar. Ancak, kaçışları zorlu bir mücadeleye dönüşürken, CIA ajanları onları yakalamakta kararlıdır. Wheeler ve Melissa'nın, denizaltının dehlizlerindeki tehlikeleri aşarak, düşmanlarını alt edip özgürlüğe ulaşmak için akıllarını ve güçlerini birleştirmeleri gerekmektedir.