Film, Lilliput'ta yaşadığı maceralardan sonra içine kapanık ve mutsuz bir adam haline gelen Gulliver'in, Lilliput'a geri dönmesiyle başlar. Ancak, Gulliver, Lilliput'a vardığında, büyük bir sürprizle karşılaşır: Lilliput halkı, onu hatırlamamaktadır.
Gulliver, Lilliput halkının eski günlerini hatırlamasına yardım etmeye karar verir. Bu süreçte, Lilliput'ta tuhaf değişikliklerin meydana geldiğini fark eder. Lilliput halkı, bir zamanlar barışçıl ve uyumlu bir toplum iken, şimdi birbirine düşman iki fraksiyona bölünmüş durumdadır.
Gulliver, Lilliput halkının eski günlerine dönmesine yardımcı olmak için çabalar. Bu süreçte, kurnaz düşmanlar ve zorlu kovalamacalar gibi birçok zorlukla karşılaşır. Ancak, Gulliver'in arkadaşlarının yardımıyla, bu zorlukların üstesinden gelir.