Filipinler'deki sondaj sırasında devasa yaratıkların kalıntıları bulunur. Kısa bir süre sonra, Amerikalı Joe Brody'nin çalıştığı Japon nükleer santralinde bir felaket meydana gelir. 15 yıl sonra, santralin çevresindeki büyük şehir nükleer kirlilikten arındırılmış bölge ilan edilir. Ancak Brody felaketin nedeninin resmi versiyonuna inanmaz. Orduda çalışan oğlu Ford, babasını ABD'ye dönmeye ikna etmek için Japonya'ya gittiğinde, onun tarafından yasak bölgeye son bir yolculuk yapmaya ikna edilir. Kısa bir süre sonra Muto adını alan ve nükleer güçle beslenen bir canavar, ardında bir yıkım izi bırakır. Canavar Hawaii'ye doğru ilerlerken, ABD ordusu çaresizce onu durdurmanın bir yolunu arar. Onlarca yıldır tarih öncesi canavarları inceleyen Ichiro Serizawa tek çözümü bildiğine inanmaktadır: Bir başka efsanevi canavar ve Muto'nun doğal düşmanı: Godzilla!
